1、根据现行商事登记制度，分公司向工商部门领取了加载法人和其他组织统一社会信用代码的营业执照后，无需再次进行税务登记，不再领取税务登记证。
也就是说，分公司设立以后，即有单独的纳税人识别号，除企业所得税有特殊规定外，其他所有税种，它都是独立的纳税人（扣缴义务人）。
2、分公司在税收政策中的官方称呼叫做「分支机构」，既然是机构，它就有机构所在地，机构所在地的税务机关就是它的主管税务机关。
如北京的公司在外省市设立分公司，那么该分公司的主管税务机关，就是它工商注册地址对应的国、地税机关。
3、分公司属于增值税政策中的「固定业户」，因此，它应当向分公司的机构所在地主管国税机关申报缴纳增值税。
相应的，分公司的城建税税率就应以工商注册地址的税率为准，与总公司所在地有可能不一样。
4、纳税人资格方面，分公司既有可能是小规模纳税人，也可以申请登记为一般纳税人。
现行政策没有要求总分公司的纳税人资格一定一致，因此，总公司和分公司可以一个是小规模，一个是一般纳税人，具体取决于政策规定和纳税人的选择。
5、纳税信用等级方面，根据总局公告2015年第85号的规定，《纳税信用管理办法（试行）》（总局公告2014年40号印发）的适用范围为：已办理税务登记（含“三证合一、一照一码”、临时登记），从事生产、经营并适用查账征收的独立核算企业、个人独资企业和个人合伙企业。
因此，符合上述条件的分公司也有自己的纳税信用等级，与总公司的不是一码事。
6、发票管理方面，分公司可以向其主管税务机关领取发票，并按照现行规定开具。取得的发票，抬头和税号应当与其营业执照相一致，根据总局公告2017年16号的规定，分公司取得的增值税普通发票，也必须正确填写税号。
7、分公司为一般纳税人的，符合条件的进项税额可以抵扣，总分公司的进项税额不能混抵，实际上双方的勾选和申报系统是相互独立的，想混抵也没有办法做到。
8、总分公司之间发生业务往来，属于增值税征收范围的，无论会计和所得税上如何处理，增值税均需要独立缴纳，并开具发票。
仍以总分公司如何进行会计核算？中的例子为例，a分公司2017年度实现利润80万元，根据总公司规定，上交管理费50万元，这笔业务应当由总公司向a分公司开具增值税发票，按照现代服务中的「企业管理服务」税目缴纳增值税。
在总分公司均为一般纳税人的情况下，一方缴纳的增值税可以在另一方抵扣，因此，不会影响公司整体的增值税税负。
具体到上例，如果这笔款项本质上属于分公司上缴总公司的利润，且在总分公司签订的协议中明确标明属于上交经营利润，笔者认为，这笔业务就不属于增值税的征收范围，无需开具发票。
9、所有的地税业务，包括个人所得税、房产税、土地使用税、土地增值税、环保税、印花税等，均应在分公司机构所在地独立缴纳。
10、税收优惠方面
（1）小微企业免征增值税优惠：总分公司分别确定，分别享受。
（2）小型微利企业减半征收企业所得税：总分公司合并确定。
（3）总分公司机构所在地一个在西部大开发税收优惠地区，一个在区外的，区内适用15%的税率，区外适用25%的税率。（详见总局公告2012年12号）
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